Trogjr není jen jedním z nejstarších osídlených městských celků na chorvatském pobřeží Jadranu, ale svými čtyři tisíciletí starými dějinami patří mezi nejstarší města ve Středomoří. První stopy po organizovaném způsobu života sahají do prehistorické doby, asi do II. tisíciletí před n.l. Z tohoto období nacházíme pozůstatky opevněných osad na okolních kopcích kolem úrodných polí. Do stejné doby sahají základy organizovaného života dnešního města, kterése umístilo na ostrůvku, v úzkém kanálu mezi pevninou a ostrovem Čiovem. Po r. 219 před n.l. se Ilyrská osada stává obchodním centrem důležité řecké kolonie se sídlem na ostrově Visu. V tomto období se osada nazývá Tragyron či Tragurion. Je to slovo řeckého původu a označuje nedalekou horu Kozjak (tragos = koza).

Řecký Trogir byl uspořádán jako většina ostatních měst. I toto město bylo obehnáno hradbami a pravidelný rastr ulic jej dělil na pravoúhlé obytné bloky. V nedalekém poli se dochovaly stopy po řecké parcelizaci terénu. Pod věží trogirské katedrály byl nalezen obětní oltář bohyně Héry, což poukazuje na skutečnost, že se kultní místa dědila z jedné civilizace na druhou, bez zřetele na měnící se náboženství. Římské Tragurium pochází z I. st. před n.l. a bylo pravděpodobně součástí širšího společenství velké kolonie, jejímž centrem byla Salona. Území Trogiru bylo již v této době známo svým kvalitním mramorem zlatavé barvy a okolní kamenolomy dodávaly hojnost materiálu k výrobě architektonických dekorativních částí pro objekty v Saloně a později i pro reprezentatívní částí Diokleciánova paláce. Křesťanské společenství bylo v Trogiru již v V. st. na vysoké úrovni. Od r. 640, kdy Avaři a Slované zpustošili blízkou Salonu, do té doby snad největší a nejvýznamnější město na východním pobřeží Jadranu, Trogir je jedním z mála měst, které přes tálo avarsko -slovanské vpády a vyvíjí se v město, jehož význam bude ve středověku neustále stoupat.

V nedalekých Bijačích bylo jedno ze sídel chorvatských vladařů, kteří silně ovlivnili Trogir. Po zániku chorvatského státu, v době vlády chorvatsko -uherských králů, Trogir získává řadu privilegií a to již od krále Kolmana, což velice prospělo rozkvětu této středověké komuny. Po zpustošení Zadaru Benátčany, začátkem XIII. st., vzrostl význam Trogiru díky tomu, že všechny hlavní komunikace mezi Uherskem a pobřežím Jadranu musely být přemístěny víc na východ. Trogir za své městské správce volil mocné chorvatské feudály, nejčastěji z rodu Šubiéů, což mu zajišťovalo ochranu a status. Ve středověku často docházelo ke střetům mezi dvěma sousedními městy Trogirem a Splitem.