Město Šibenik leží nedaleko ústí řeky Krky do moře. Zaplavené ústí řeky vytváří velký záliv spojený s mořem hlubokým splavným kanálem sv. Ante. Je zvláštní, že takto mimořádně chráněný přístav a výborná strategická poloha mezi Zadarem a Splitem neměla již v antických dobách za následek založení významnější osady. Není pochyb o tom, že v těchto místech již za dávných dob byla jakási osada, ovšem město Šibenik se připomíná teprve r. 1066, v listině, v níž se uvádí, že téhož roku ve městě na Vánoce pobýval chorvatský král Petar Krešimir IV. Proto je Šibenik vlastně nejmladší ze všech ostatních dalmatských měst a podle všeho jej založili chorvatští králové, zpočátku jako královské kastrum. Není stále ještě doloženo, jak vzniklo pojmenování tohoto města. Podle staršího výkladu mělo jít o osadu "ukrytou" v proutí (chorvatsky šiblje), avšak studie starého chorvatského názvosloví dokládá, že se v Dalmácii jménem "šibenik" pojmenovávaly i jiné osady na vyvýšeninách nebo vrcholcích kopců. Šibenik patřil i do chorvatsko-uherského království a víme, že v něm r. 1105 pobýval král Koloman. Jelikož Šibenik představoval hrozbu benátské námořní dominaci, byl r. 1116 zničen benátskými jednotkami. Když bylo o něco později zcela zpustošeno i hlavní město Biograd, jeho obyvatelé vyhledali bezpečí v Šibeniku a vdechli mu nový život.

Během XIII. st. bylo město pod ochranou knížat Šubiéů Bribirských, kteří se zasloužili o to, že mupapež Bonifacie VIII. bulou z I. května 1298 zaručil statut města s vlastní diecézí. Od XV. st. se Šibenik spolu s celou Dalmácií dostává pod nadvládu Benátek a ta se udržela až do zániku Benátské republiky v r. 1797. Během těchto bouřlivých století Šibenik zažil řadu tureckých vpádů a jeho středověký ráz se mění výstavbou nových, mohutných opevnění. Ještě před tureckým pustošením šibenického vnitrozemí a před nevyhnutelnými morovými epidemiemi byl Šibenik v XVI. st. největším městem dalmatského regionu. V XIX. st., v době rakouské správy, město zaznamenalo značný rozvoj. Zvláště v druhé polovině století, kdy se v jeho okolí a vnitrozemí rozvíjí hornictví. Od r. 1876 město je spojeno železniční tratí s Kninem a Splitem. R. 1895 šibenický podnikatel Šupuk vystavěl na řece Krce první hydro centrálu a daleko vod v Chorvatsku, což téhož roku umožnilo zavést ve městě nejen elektrické osvětlení, ale i zabezpečit energii pro menší průmyslové závody. Již r.1870 bylo postaveno moderní městské divadlo. Šibenický přístav se rozvíjí především díky transportu dřeva z Bosny a uhlí z nedalekých dolů. Rakouské válečné loďstvo zabralo velkou část přístavu pro jednu ze svých nejdůležitějších základen. Po první světové válce, za první Jugoslávie, se zde rozvíjí a sílí průmysl. Jde především o výrobu legujících přísad do železa a využití bauxitu. Šibenik byl během druhé světové války velice poškozen za spojeneckých leteckých náletů. Tehdy byl zcela zničen vynikající renesanční objekt Městské radnice, což je největší ztráta památkové hodnoty na chorvatském území. Rozvoj Šibeniku za poslední Jugoslávie se vyznačuje průmyslovým rozvojem, zvláště výrobou aluminia, ale i stále sílícím turistickým ruchem v okolí města. V blízkosti Šibeniku byly založeny i dva mimořádně důležité národní parky. Je to Národní park Krka a Národní park Kornati. Nelze opomenout ani významný Mezinárodní dětský festival, jenž se v Šibeniku koná již téměř půl století.